น้ำผึ้งน่าจะปลอดภัยในการใช้เป็นสารให้ความหวานตามธรรมชาติ ยาระงับอาการไอ และผลิตภัณฑ์เฉพาะที่สำหรับแผลและบาดแผลเล็กน้อยหลีกเลี่ยงการให้น้ำผึ้ง แม้รสชาติเพียงเล็กน้อยแก่ทารกที่มีอายุต่ำกว่า 1 ปี น้ำผึ้งอาจทำให้เกิดภาวะทางเดินอาหารที่พบได้ยากแต่ร้ายแรง ขี้ผึ้ง  (โรคโบทูลิซึมในทารก) ซึ่งเกิดจากการสัมผัสกับสปอร์ของเชื้อ Clostridium botulinum แบคทีเรียจากสปอร์สามารถเติบโตและเพิ่มจำนวนในลำไส้ของทารก ทำให้เกิดสารพิษที่เป็นอันตรายบางคนแพ้ง่ายหรือแพ้ส่วนประกอบเฉพาะในน้ำผึ้ง โดยเฉพาะเกสรผึ้ง แม้ว่าจะหายาก แต่การแพ้เกสรผึ้งอาจทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์ร้ายแรงและบางครั้งอาจถึงแก่ชีวิตได้ สัญญาณและอาการของปฏิกิริยารวมถึง:หายใจดังเสียงฮืด ๆ และอาการหอบหืดอื่น ๆอาการวิงเวียนศีรษะคลื่นไส้ อาเจียน ความอ่อนแอ เหงื่อออกมากเกินไป เป็นลม จังหวะการเต้นของหัวใจผิดปกติ (arrhythmias)กัดหลังจากการใช้เฉพาะที่ น้ำผึ้งอาจส่งผลต่อระดับน้ำตาลในเลือด ปฏิสัมพันธ์ขณะนี้ยังไม่มีหลักฐานที่แสดงว่าน้ำผึ้งอาจมีปฏิกิริยากับยาอื่นๆ อย่างไร