เนื่องจากปัญหาเหล่านี้ การทำงานในเขื่อน Three Gorges จึงล่าช้าไปเกือบ 40 ปี เนื่องจากรัฐบาลจีนประสบปัญหาในการตัดสินใจที่จะดำเนินการตามแผนสำหรับโครงการดังกล่าว ในปี พ.ศ. 2535 พรีเมียร์หลี่ เผิง ซึ่งฝึกฝนตัวเองเป็นวิศวกร ในที่สุดก็สามารถโน้มน้าวให้ สภาประชาชนแห่งชาติให้สัตยาบันในการตัดสินใจสร้างเขื่อน แม้ว่าสมาชิกเกือบหนึ่งในสามจะงดออกเสียงหรือคัดค้านโครงการนี้ก็ตาม ซึ่งเป็นสัญญาณของการต่อต้านอย่างไม่เคยปรากฏมาก่อนจาก ปกติร่างกายจะยอมจำนน เขื่อนซานเสียต้าป้า  ปธน. เจียง เจ๋อหมินไม่ได้ร่วมเดินทางไปกับหลี่ในพิธีเปิดเขื่อนอย่างเป็นทางการในปี 2537 และธนาคารโลกปฏิเสธที่จะให้เงินทุนแก่จีนเพื่อช่วยเหลือโครงการนี้ โดยอ้างถึงความกังวลด้านสิ่งแวดล้อมและอื่นๆอย่างไรก็ตาม โครงการ Three Gorges ได้เดินหน้าต่อไป ในปี พ.ศ. 2536 เริ่มงานสร้างถนนทางเข้าและไฟฟ้าเข้าสู่พื้นที่ คนงานปิดกั้นและเบี่ยงเส้นทางแม่น้ำในปี 2540 ทำให้การก่อสร้างระยะแรกต้องยุติลง ในปี พ.ศ. 2546 อ่างเก็บน้ำเริ่มเต็ม เขื่อนกั้น เรือห้าชั้น ซึ่งอนุญาตให้เรือขนาดไม่เกิน 10,000 ตันแล่นผ่านเขื่อนได้เริ่มดำเนินการเบื้องต้น และเครื่องกำเนิดไฟฟ้าเครื่องแรกของเขื่อนเชื่อมต่อกับกริด เสร็จสิ้น ระยะที่สองของการก่อสร้าง (หลังจากเสร็จสิ้นระยะที่สองนี้